עלות בניית ממ"ד משתנה בהתאם לפרמטרים רבים, כולל מיקום הבנייה, גודל הממ"ד, סוג החומרים, ודרישות מיוחדות כמו בידוד תרמי ואקוסטי, חיפוי עמיד ואבזור נוסף. המחיר מורכב מעלויות העבודה, החומרים ותהליכי אישור הבנייה הנדרשים לפי התקן המחמיר של פיקוד העורף. לעיתים יש צורך גם בעבודות נוספות כמו חפירה או הכנת תשתיות מתאימות, שיכולות לייקר את הפרויקט. לפני תחילת הבנייה מומלץ לקבל הצעת מחיר מפורטת מקבלן המתמחה בבניית ממ"דים, שיכול להסביר את הפרטים המדויקים המהווים את עלות הפרויקט הכוללת.